Büyük Set Resifi'nin yok olma nedenleri şunlardır: 1. İklim Değişikliği: Okyanus sıcaklıklarının artması, mercanların beyazlamasına (bleaching) neden olur ve bu da mercanların ölümüne yol açabilir. 2. Kirlilik: Çevredeki tarım alanlarından gelen kimyasal gübre ve pestisitler, resifteki dengeyi bozarak alglerin aşırı büyümesine neden olur. 3. Aşırı Balıkçılık: Yoğun ticari balıkçılık, resifin doğal yaşam dengesini bozarak belirli türlerin yok olmasına veya azalmasına yol açar. 4. Deniz Trafiği ve Petrol Sızıntıları: Büyük Set Resifi, yoğun deniz trafiği nedeniyle gemi kazaları ve petrol sızıntılarına karşı savunmasızdır. 5. Toplu Mercan Ağarmaları: Amerika Ulusal Bilimler Akademisi'ne göre, resif 1985'ten bu yana barındırdığı mercanların yarısından fazlasını kaybetmiştir. Bu tehditlere karşı koruma çabaları arasında, kirlenmeyi azaltma, denetimli turizm ve balıkçılık faaliyetlerini düzenleme gibi önlemler bulunmaktadır.