Lagünler, çeşitli nedenlerle tehlikeli olabilir: Kirlilik: Lagünler, evsel, endüstriyel ve tarımsal atıkların boşaltılması nedeniyle kirlenebilir. Oksijen eksikliği: Lagünlerin derinliklerinde oksijen seviyesi kritik seviyenin altına düşebilir, bu da canlı yaşamının yok olmasına yol açar. Zehirli gazlar: Kuvvetli rüzgarlar ve yağışlar, dibe çökmüş maddelerin hareket etmesine neden olarak zehirli gazların açığa çıkmasına yol açabilir. Ekolojik denge bozulması: Lagünlerin doğal dengesi, gelgit etkisi, yağış, buharlaşma ve tatlı su girişi gibi faktörlerle bozulabilir. Bu nedenlerle, lagünlerin korunması ve kirliliğin önlenmesi büyük önem taşır.