Oral mikrobiyoloji, ağız boşluğunda bulunan bakteriler, virüsler, mantarlar ve diğer mikroorganizmaların incelenmesidir. Oral mikrobiyoloji ve immünoloji arasındaki etkileşim şu şekilde özetlenebilir: Ağız mikrobiyotası: Ağızdaki mikroorganizmalar, bağışıklık sistemi ile sürekli etkileşim halindedir. Savunma mekanizması: Mikroorganizmalara karşı ilk savunma, mukozal bariyerler ve tükürük akışı ile sağlanır. İmmün yanıt: Savunma yetersiz kaldığında, hem doğal hem de edinsel immün yanıt devreye girer. Gelecekte, insan oral mikrobiyom projesi ile mikrobiyotadaki türlerin belirlenmesi, immün sistemin hangi hücrelerinin aktive olup baskılandığını anlamaya yardımcı olabilir.