Immune sistem hastalıkları üç ana kategoriye ayrılır: 1. Immunodeficiencies (Bağışıklık Yetmezliği): Bu hastalıklar, bağışıklık sisteminin zayıflamasına neden olur ve doğuştan (primary) veya edinilmiş (secondary) olabilir. 2. Aşırı Aktif Bağışıklık (Autoimmunite): Bağışıklık sistemi, normalde zararsız olan maddelere veya vücudun kendi hücrelerine karşı aşırı tepki gösterir. 3. Alerjiler: Bağışıklık sistemi, toz, küf, polen ve gıdalar gibi alerjenlere karşı tepki verir.