Blastokist sıvısının oluşmasının nedeni, sıvı birikmeye başlayan zigotun (tek hücreli yapı) blastokist olarak bilinen içi boş bir hücre kütlesine dönüşmesidir. Blastokist oluşum aşamaları şu şekildedir: 1. Zona pellucida (memelilerde yumurta zarını çevreleyen jelimsi örtü) ile çevrili zigot, tüm sürecin 2 hücreli, 4 hücreli, 8 hücreli ve 16 hücreli aşamalardan geçeceği şekilde bölünür. 2. 8 hücreli veya 16 hücreli embriyonun gelişmesinden sonra, blastomerler birbirleriyle sıkı bağlantılar oluşturur. 3. Blastomerler arasındaki bağlantı, embriyonun bir dış hücre ve bir iç hücre kütlesini oluşturur. 4. Sıvı, zigotun içinde birikmeye başlar ve blastokistin oluşumuna yol açar. 5. Son olarak, gerilmiş zona pellucida blastokisti kırıp serbest bırakır. Blastokist, daha sonra rahmin endometriyal duvarına yapışır.