Toprak mikrobiyolojisi, ekosistemin kalitesi ve tarımsal ekosistemlerin verimliliği açısından büyük önem taşır. Toprak mikrobiyolojisinin önemli olmasının bazı nedenleri: Besin maddelerinin döngüsü: Toprak mikroorganizmaları, bitkilerin ihtiyaç duyduğu C, N, P, S, Fe, Mg gibi elementleri çeşitli sentez ve analiz süreçleriyle yararlı hale getirir. Bitki gelişimi: Mikroorganizmalar, bitki özümlemesi için gerekli karbondioksiti meydana getirir ve bitki gelişimini teşvik eden vitamin ile hormonların oluşumunda rol oynar. Toprak sağlığı: Topraktaki mikroorganizmaların çeşitliliği ve bolluğu, toprağın sağlığını ve verimliliğini gösterir. Çevre kalitesi: Mikroorganizmalar, organik atıkları ve zehirleri zararsız veya faydalı bileşenlere dönüştürür. Ekolojik denge: Toprak mikroorganizmaları, azot ve karbon döngüsüyle birlikte toprak oluşumunda önemli etkilere sahiptir.