Çölyaklıların neden otoimmün olduğuna dair bilgi bulunamadı. Ancak çölyak hastalığı, genetik yatkınlığı olan bireylerde buğday, arpa, çavdar gibi tahıllarda bulunan gluten isimli proteine karşı duyarlılık sonucu gelişen otoimmün bir hastalıktır. Otoimmün hastalıklar, bağışıklık sisteminin yanlışlıkla sağlıklı dokuya saldırdığı durumlardır. Çölyak hastalığının oluşmasında, otoimmün, genetik ve çevresel faktörler rol oynamaktadır. Çölyak hastalığı teşhisi için bir doktora başvurulması önerilir.