Küçük Ayasofya'nın hikayesi şu şekilde özetlenebilir: - Yapının Yapımı: Bizans (Doğu Roma) İmparatoru I. Justinianus ve eşi Theodora tarafından 527-536 yılları arasında Aya Sergios ve Bakhos Kilisesi adıyla yaptırılmıştır. - İsim Kaynağı: Efsaneye göre, I. Justinianus'un amcası aleyhine bir ayaklanmaya karıştığı için idam edilmesi planlanır, ancak azizlerden Sergios ve Bakkhos'un rüyasına girip onun lehinde tanıklık etmeleri üzerine imparator kurtulur ve bu azizlerin adına bir kilise yaptırır. - Camiye Çevrilmesi: II. Bayezid döneminde (1481-1512), Topkapı Sarayı Darüssaade Ağası Hüseyin Ağa tarafından camiye dönüştürülmüştür. - Deprem ve Diğer Hasarlar: 1648 ve 1766 depremlerinde zarar görmüş, ayrıca yakınından geçen tren yolu da yapıya zarar vermiştir. - Restorasyonlar: 1831 ve 1955 yıllarında kapsamlı restorasyonlardan geçmiştir.