Otoantikor oluşumuna neden olan bazı hastalıklar: Organ spesifik otoimmün hastalıklar: Hashimato tiroiditi, otoimmün hemolitik anemi, Addison hastalığı, myastenia gravis, tip 1 diabetes mellitus, primer biliyer siroz. Sistemik otoimmün hastalıklar: Romatoid artrit, sistemik lupus eritematozus, Sjögren sendromu, skleroderma, polimiyozit-dermatomiyozitis, Reiter sendromu, karışık bağ dokusu hastalıkları. Otoantikor oluşumuna neden olan bazı faktörler: Genetik faktörler: Bazı HLA tiplerinin varlığı (örneğin, DRB1 03:01, DQB1 02:01, DRB115:01 ve DQB1 06:02). Enfeksiyonlar: Enfeksiyonlar, T hücre anerjisini bozarak otoantijenlere karşı bağışıklık tepkisini tetikleyebilir. Çevresel etkenler: Bazı kimyasal, fiziksel veya biyolojik etkenler, organizmadaki yapılara antijen özelliği kazandırabilir.