Bağışıklık sisteminde yer alan başlıca organlar şunlardır: 1. Kemik İliği: Bağışıklık sisteminin tüm hücrelerinin kökeni olan kök hücrelerin bulunduğu merkezdir. 2. Timus: Göğsün üst bölümünde, tiroid bezinin altında yer alır ve olgunlaşmamış lenfositlerin kemik iliğinden çıkıp olgunlaşma sürecine tabi tutuldukları organdır. 3. Dalak: Karın boşluğunun sol üst tarafında bulunur ve eski kırmızı kan hücrelerinin yıkımından sorumludur. 4. Lenf Düğümleri: B ve T hücrelerinin bulunduğu, vücudun çeşitli bölgelerinde (koltuk altı, kasık, çene altı, boyun, dirsek ve göğüs) bol miktarda bulunan merkezlerdir. 5. Bademcikler: Boğazda yer alır ve lenfositlerin toplandığı, mikroplara karşı ilk engeli oluşturan yapılardır. 6. Peyer Plakları: İnce bağırsağın ileum bölgesinde bulunan lenfoid dokuların yoğunlaştığı bölgelerdir. 7. Lenf: Bağışıklık sisteminin hücre ve proteinlerini taşıyan dolaşım sistemi sıvısıdır.