Elfen-Lied, insan evriminin bir sonraki basamağı olarak kabul edilen Diclonius'ların hikayesini anlatır. Diclonius'lar, başlarındaki iki boynuz ve görünmez uzuvları olan vektörlerle insanlardan ayrılırlar. Serinin merkezinde, bir Diclonius olan Lucy yer alır. Hikaye, Lucy'nin bu iki kişiliği arasında yaşadığı çatışmalar, toplum tarafından dışlanması ve diğer karakterlerle olan ilişkileri üzerinden, sosyal izolasyon, ayrımcılık, travma ve pişmanlık gibi temaları işler.