Omori'nin hikayesi, ilk bakışta renkli piksel grafikleri ve tatlı karakterleriyle bir çocukluk hikayesi gibi görünse de, derinlerine indikçe travma, suçluluk, kayıp ve yüzleşme gibi ağır temaları işler. Hikayenin ana hatları: - SUNNY, içine kapanık bir çocuk ve onun zihninde yarattığı karanlık persona OMORI etrafında döner. - İki dünya: Hikaye, SUNNY'nin bilinçaltında geçen HEADSPACE (Hayal Dünyası) ve gerçek dünya olan FARAWAY TOWN arasında paralel şekilde ilerler. - Mari'nin kaybı: SUNNY'nin ablası Mari, oyundan dört yıl önce ölür. - Savunma mekanizması: SUNNY, yaşadığı suçluluğa dayanamayarak olanları hatırlamaktan kaçar ve OMORI'yi yaratır; OMORI, hatıraları bastıracak ve SUNNY'ye sonsuz bir "mutlu dünya" inşa edecektir. - Gerçekle yüzleşme: Oyuncu, kararlarıyla şekillenen sorularla karşılaşır: "Bir hata her şeyi yok eder mi?", "Gerçekle yüzleşmek mi daha zor, yoksa sonsuz bir yalanın içinde yaşamak mı?".