BMW E90 modelinin tutulmama nedenleri arasında birkaç kronik sorun öne çıkmaktadır: Motor sorunları: N47 ve N54 motorlarına sahip E90 modellerinde timing chain problemleri, plastik swirl flaps arızaları ve turbocharger failures gibi motor sorunları görülebilir. Şanzıman sorunları: Özellikle 335i modellerinde otomatik şanzıman kontrol ünitesinde sorunlar yaşanabilir, bu da şanzımanın ikinci viteste çalışmasına ve istenmeyen titreşimlere yol açabilir. Elektriksel sorunlar: Elektrikli su pompası, ABS ünitesi ve direksiyon kilidi gibi bileşenlerde arızalar rapor edilmiştir. İç ve dış aksam sorunları: Kapı kolları, klima yönlendirici tutamaçları ve direksiyon pompası gibi parçalarda aşınmalar ve kırılmalar sıkça görülür. Bu sorunlar, aracın uzun ömürlü ve sorunsuz kullanımını etkileyebilir ve ikinci el piyasasında değerini düşürebilir. Ancak, bakımlı ve düzgün kullanılmış bir E90 modeli uzun yıllar güvenilir bir sürüş deneyimi sunabilir.