Bafa Gölü'nün tehlikeli olmasının bazı nedenleri: Kuraklık: Yağışların yetersiz olması, gölde su seviyesinin düşmesine ve kirliliğin artmasına neden olmaktadır. Kirlilik: Büyük Menderes Nehri'nden gelen tarımsal ve endüstriyel atıklar, gölde fosfat ve ağır metal kirliliğine yol açmaktadır. Ekolojik Dengenin Bozulması: Kirlilik, gölde alg patlamalarına ve metan gazı artışlarına neden olmaktadır. İnsan Faaliyetleri: Göl çevresindeki tarım arazilerinde kullanılan kimyasal ilaçlar ve büyükbaş hayvan atıkları da kirliliğe katkıda bulunmaktadır. Bu faktörler, Bafa Gölü'nün ekosistemini tehdit etmekte ve hem turizm hem de canlı yaşamı için risk oluşturmaktadır.