Rutherford atom modeli, protonu ve nötronu şu şekilde açıklamıştır: 1. Proton: Ernest Rutherford, 1919 yılında alfa parçacıklarının hidrojen atomlarına çarpması sonucu ortaya çıkan daha hafif artı yüklü parçacıklar olan "H-parçacıklarını" keşfetti. 2. Nötron: Rutherford'un atom modeli, atom çekirdeğinin sadece protonlardan oluşmadığını, aynı zamanda nötron adı verilen, protonla benzer kütleye sahip ama elektrik yükü olmayan parçacıkların da bulunduğunu öne sürdü.