Protonun pozitif yüklü olmasının nedeni, iç yapısında bulunan kuarkların elektrik yüklerinin toplamıdır. Proton, iki yukarı kuark (up quark, u) ve bir aşağı kuark (down quark, d) içeren bir baryondur. Kuarkların kendilerine özgü elektrik yükleri vardır: Yukarı kuark: +2/3 e yük. Aşağı kuark: -1/3 e yük. Bu yüklerin toplamı şu şekilde hesaplanır: (+2/3 e) + (+2/3 e) + (-1/3 e) = +1 e. Bu hesaplama, protonun toplam yükünün daima +1 e olduğunu gösterir. Protonun pozitif yüklü olması, aynı zamanda elektronun negatif yüklü olmasıyla da ilişkilidir.