PCR

PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) testi, DNA'nın belirli bir bölgesini hızlı bir şekilde çoğaltmak için kullanılan hassas bir laboratuvar yöntemidir. PCR testinin kullanım alanları: - Enfeksiyon hastalıklarının tanısı: Virüsler (SARS-CoV-2, HIV, grip) ve bakteriler (tüberküloz, boğmaca) gibi mikroorganizmaların tespiti. - Genetik bozuklukların tanısı: Taşıyıcılık taramaları ve prenatal genetik analizler. - Kanser tanısında ve tedavi planlamasında: Tümörlerin genetik profillerini belirleyerek erken tanı ve hedefe yönelik tedavi seçeneklerinin desteklenmesi. - Adli bilimler: DNA profilleme ve babalık testlerinde. - Biyoteknoloji ve araştırma: Gen klonlama ve gen ifade çalışmaları gibi birçok uygulamada. PCR testi, burun veya boğaz sürüntüsü örneğinden alınarak yapılır ve genellikle 2-4 saat içinde tamamlanır.

PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) genellikle 30-40 döngü yapılır.

En doğru COVID-19 testi, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) testi olarak kabul edilmektedir. Diğer bir doğru test türü ise antikor testleri olup, bu testler bağışıklık sisteminin virüse karşı ürettiği antikorları tespit eder ve geçmiş enfeksiyonları belirlemek için kullanılır. Test seçimi ve uygulanması için bir sağlık uzmanına danışılması önerilir.

Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), moleküler biyolojide geniş bir kullanım alanına sahiptir: 1. Enfeksiyon hastalıklarının tanısı: Virüsler (SARS-CoV-2, HIV, grip) ve bakteriler (tüberküloz, boğmaca) gibi patojenlerin tespitinde kullanılır. 2. Genetik bozuklukların tanısı: Taşıyıcılık taramaları, prenatal genetik analizler ve kalıtsal hastalıkların teşhisinde önemlidir. 3. Kanser tanısı ve tedavi planlaması: Tümörlerin genetik profillerini belirleyerek erken tanı ve hedefe yönelik tedavi seçeneklerini destekler. 4. Adli bilimler: DNA profilleme, babalık testleri ve kimlik belirlemede kritik bir rol oynar. 5. Biyoteknoloji ve araştırma: Gen klonlama, gen düzenleme ve gen ifade çalışmaları gibi birçok laboratuvar uygulamasında temel bir araçtır. 6. Zoonotik hastalıkların araştırılması: Hayvanlardan insanlara bulaşan hastalıkların tespit ve takibinde kullanılır.

PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi şu şekilde çalışır: 1. Denatürasyon: DNA örneği 94-98°C'de ısıtılarak çift sarmal yapıdaki DNA'nın tek sarmallara ayrılması sağlanır. 2. Primer Bağlanması: Sıcaklık 50-65°C'ye düşürülerek, spesifik DNA bölgelerine bağlanmak üzere tasarlanmış primerler (kısa DNA dizileri) hedef DNA'ya bağlanır. 3. Uzama: Sıcaklık 72°C'ye yükseltilir ve bu sıcaklıkta Taq DNA polimeraz enzimi, primerlerden itibaren serbest nükleotidleri kullanarak yeni DNA ipliklerini sentezler. Bu döngü genellikle 25-40 kez tekrarlanır ve her döngüde DNA miktarı katlanarak artar. PCR yöntemi, otomatik bir süreç olan termal döngü için termocycler adı verilen bir makine tarafından yönlendirilir.

Okulda iğne olmak zorunlu değildir. Ancak, bazı durumlarda öğretmenler ve öğrenciler için aşı veya PCR testi zorunluluğu getirilebilir. Örneğin, 6 Eylül 2021 tarihinde yüz yüze eğitimin başlamasıyla birlikte, aşı olmayan öğretmenlerden haftada iki kez PCR testi yaptırmaları istenmiştir.

Real-time PCR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu), PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) tekniğinin bir varyasyonudur ve DNA veya RNA'nın miktarını ölçmek için kullanılır. Çalışma prensibi: 1. Denatürasyon: Yüksek sıcaklıkta DNA çift sarmalı ayrılarak tek sarmallı hale getirilir. 2. Annealing (bağlanma): Primerler, ayrılmış DNA zincirlerine tamamlayıcı sekanslarıyla hibritleşir. 3. Primer uzaması: DNA polimeraz enzimi (Taq DNA polymerase) ile primerlerin uzatılması sağlanır. Real-time PCR'da bu adımlar, her döngüde PCR ürününün miktarı ölçülerek gerçek zamanlı olarak takip edilir.

Sürüntü testi ve PCR testi aynı şeyi ifade eder. PCR (Polymerase Chain Reaction) testi, sürüntü yöntemleri kullanılarak burundan, boğazdan ya da solunum yolundan alınan numune ile virüsün varlığını test eden bir tanı yöntemidir.

PCR döngüsü 25-35 kez tekrarlanır.

PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu), DNA dizilerinin in vitro koşullarında çoğaltılması esasına dayanır ve üç ana aşamadan oluşur: 1. Denatürasyon: Kalıp DNA, 92-95 °C'de 1-2 dakika tutularak çift sarmal yapıdaki DNA iplikçikleri birbirinden ayrılır. 2. Primerlerin Bağlanması (Annealing): Reaksiyon sıcaklığı 37-65 °C'ye düşürülerek oligonükleotid primerleri, açılan DNA zincirlerinin kendi baz dizilerine karşılık gelen bölgeye yapışır. 3. Primer Uzaması (Extension): DNA zincirleri üzerine yapışan primerler, DNA polimeraz enzimi (Taq DNA polymerase) vasıtasıyla uzatılır. Bu işlem, genel olarak 25-40 defa tekrar edilerek başlangıçtaki DNA dizisinden milyonlarca yeni DNA parçacığı çoğaltılır.

PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) çeşitleri şunlardır: 1. Yuvalanmış (Nested) PCR: İlk PCR'dan elde edilen ürünün ikinci bir amplifikasyon için kalıp olarak kullanılması. 2. Demirlenmiş (Anchored) PCR: Çoğaltılacak DNA'nın sadece bir bölgesinin bilindiği durumda uygulanır. 3. Geri (Revers) Transkripsiyon PCR (RT-PCR): RNA'dan tamamlayıcı DNA sentezi ve bu DNA'nın standart PCR ile çoğaltılması. 4. Asimetrik PCR: Fazla miktarda çoğaltılan tek iplikli ürünün dizilenmesi için kullanılır. 5. Çoklu (Multipleks) PCR: Bir PCR ile birden fazla hedef dizinin birlikte çoğaltılması. 6. Real Time PCR: Ürünlerin analizi reaksiyon sırasında yapılır, floresan boyalar veya problar kullanılır. 7. Hot Start PCR: DNA polimerazın düşük sıcaklıklarda aktif olmasını önleyerek özgül olmayan amplifikasyonları azaltır.

PCR testi için hem burundan hem de boğazdan sürüntü örneği alınabilir. Test sırasında, ucu pamuklu ince bir çubuk kullanılarak burun ve boğazdan sürüntü örnekleri alınır.

PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve moleküler test aynı kavramı ifade eder. Moleküler test, biyolojik materyallerden (DNA, RNA, proteinler veya yağlar) örnekler alınarak, bu materyallerin yapısını ve özelliklerini inceleyen testleri kapsar.

Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR), polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayanan bir moleküler biyoloji laboratuvar tekniğidir. Temel prensibi, hedeflenen bir DNA molekülünün amplifikasyonunu PCR'da olduğu gibi sonunda değil, reaksiyon sırasında (yani gerçek zamanlı olarak) izlemektir. Bu teknik, hastalıkların teşhisinde, DNA haritalama ve dizi analizinde, adli tıpta suçlu profillerinin çıkarılmasında ve diğer birçok alanda kullanılmaktadır.

RT-PCR (Reverse Transcription PCR) ve qPCR (Kantitatif PCR) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Başlangıç Materyali: RT-PCR, RNA ile çalışırken, qPCR hem DNA hem de RNA ile çalışabilir. 2. Enzimler: RT-PCR, ters transkriptaz ve DNA polimeraz enzimlerini kullanırken, qPCR sadece DNA polimeraz enzimini kullanır. 3. Amplifikasyon: RT-PCR, RNA'nın cDNA'ya dönüştürülmesinden sonra amplifikasyon yaparken, qPCR doğrudan DNA veya cDNA'nın amplifikasyonunu izler. 4. Gerçek Zamanlı İzleme: qPCR, amplifikasyon sürecini gerçek zamanlı olarak izler ve floresan problar veya boyalar kullanarak miktarı ölçer, RT-PCR ise sadece amplifikasyonun sonunda sonuç verir. 5. Duyarlılık: qPCR, daha hassas olup düşük seviyelerde DNA veya RNA moleküllerini tespit edebilirken, RT-PCR sadece dönüştürülmüş cDNA moleküllerini tespit edebilir.

16S rDNA PCR yöntemi ile aşağıdaki bakteriler ayırt edilebilir: Staphylococcus; Corynebacterium; Propionibacterium; Streptococcus; Bacillus; Acinetobacter; Pseudomonas; Proteus; Brevundimonas. Ayrıca, Salmonella enterica gibi diğer bakteri türleri de bu yöntemle tespit edilebilir.

Omicron varyantını tespit eden test, PCR testidir. Ayrıca, hızlı antijen tespit testleri de Omicron varyantının teşhisinde kullanılabilir, ancak bu testlerin kesin sonuç vermesi için tam gen dizilimi yapılması gerekebilir.

Domuz gribi PCR testinin sonuçlanma süresi genellikle 24-48 saat arasında değişmektedir.

PCR'da kantitatif ifadesi, gerçek zamanlı PCR (qPCR) yöntemini ifade eder. qPCR, DNA amplifikasyonunun gerçek zamanlı olarak izlenmesini sağlayan bir tekniktir. Böylece, qPCR sayesinde bir örnekte bulunan DNA miktarı hakkında gerçek zamanlı veriler elde edilir ve başlangıçtaki şablon konsantrasyonu hesaplanabilir.

RT-PCR (Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve qPCR (Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu) farklı tekniklerdir, ancak bazen birbirleriyle karıştırılabilirler. RT-PCR, RNA'nın önce ters transkriptaz enzimi kullanılarak cDNA'ya dönüştürülmesi ve ardından bu cDNA'nın PCR ile amplifiye edilmesiyle çalışır. qPCR, DNA veya RNA'nın kantitatif olarak ölçülmesini sağlar.