PCR

RT-qPCR ile bağıl mRNA analizi şu adımlarla gerçekleştirilir: 1. Ters Transkripsiyon: mRNA molekülleri, ters transkriptaz enzimi ve spesifik primerler kullanılarak tamamlayıcı DNA (cDNA) haline dönüştürülür. 2. Kantitatif PCR (qPCR): cDNA, DNA polimeraz ve floresan boyalar veya problar ile birlikte PCR cihazına yerleştirilir ve her PCR döngüsünde amplifiye edilen ürün miktarı gerçek zamanlı olarak ölçülür. 3. Veri Analizi: Elde edilen floresan sinyalleri, bilgisayar yazılımı ile analiz edilerek başlangıçtaki mRNA seviyelerinin nispi miktarı hesaplanır. RT-qPCR, gene ekspresyon seviyelerindeki değişiklikleri kesin ve hassas bir şekilde ölçmek için kullanılır.

RT-PCR (Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve qPCR (Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Başlangıç Materyali: RT-PCR, RNA ile başlarken, qPCR hem DNA hem de RNA ile çalışabilir. 2. Enzimler: RT-PCR, ters transkriptaz ve DNA polimeraz enzimlerini kullanırken, qPCR sadece DNA polimeraz enzimini kullanır. 3. Amplifikasyon ve Tespit: RT-PCR, RNA'yı cDNA'ya dönüştürdükten sonra amplifikasyon yapar ve sadece varlığın tespitini sağlar. 4. Gerçek Zamanlı İzleme: qPCR, amplifikasyon sürecini gerçek zamanlı olarak izleyebilirken, RT-PCR bu özelliğe sahip değildir. 5. Hassasiyet: qPCR, daha hassas olup düşük seviyelerde DNA veya RNA moleküllerini tespit edebilirken, RT-PCR'ın hassasiyeti daha düşüktür.

Real-time PCR (RT-PCR) ve konvansiyonel PCR arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Tespit Yöntemi: Konvansiyonel PCR'de amplifiye DNA'nın tespiti, işlem tamamlandıktan sonra jel elektroforezi ile yapılır. 2. Kantitasyon: Konvansiyonel PCR kalitatif sonuçlar verirken, RT-PCR hedef DNA'nın miktarını detaylandıran kantitatif veriler sunar. 3. Zaman Verimliliği: RT-PCR daha hızlı analiz sağlar ve veri çıkışı amplifikasyon işlemi sırasında oluşturulduğu için daha az uygulamalı zaman gerektirir. 4. Hassasiyet: RT-PCR daha hassastır ve geleneksel PCR'ye göre daha düşük miktarda DNA tespit edebilir. 5. Ekipman: RT-PCR için kullanılan ekipmanlar, floresans tespit yetenekleriyle donatılmış daha gelişmiş cihazlardır.

PCR, 25-30 döngü sonunda DNA miktarında yaklaşık 1.000.000 kez artış sağlar.

Anatolia Geneworks, moleküler diyagnostik alanında faaliyet gösteren bir biyoteknoloji şirketidir. Başlıca iş alanları: - Real-Time PCR kitleri ve nükleik asit izolasyon kitleri tasarımı, geliştirilmesi ve üretimi. - Hızlı antijen test kitleri ve otomatik nükleik asit izolasyon cihazları üretimi. Ürün portföyü 350'den fazla tanı kitini kapsamaktadır. Uluslararası pazar odaklı çalışan Anatolia Geneworks, üretiminin büyük bir kısmını 70'ten fazla ülkeye ihraç etmektedir.

Vibriolar için multipleks PCR yöntemi kullanılır.

Antikor ve PCR testleri aynı anda yapılabilir.

Swab testlerinin sonuçlanma süresi, testin türüne ve laboratuvarın kapasitesine bağlı olarak değişir. Genel olarak: - Nükleik asit swab testleri: 24 saat içinde sonuçlanır. - Hızlı strep testleri: 5-10 dakika içinde sonuç verir. - PCR burun swab testleri: 2-3 gün içinde sonuçlanır.

PCR'nin 40 döngüsü, polimeraz zincir reaksiyonunun 40 kez tekrarlanması anlamına gelir.

Real-time PCR pozitif sonucu, vücudun koronavirüs (COVID-19) ile enfekte olduğunu gösterir.

HBV-DNA PCR kantitatif saptanamadı ifadesi, Hepatit B virüsünün (HBV) DNA'sının PCR testi ile tespit edilemediği anlamına gelir. Bu durum, birkaç anlama gelebilir: - Virüsün düşük seviyede olması: HBV DNA'sı, standart testlerle tespit edilemeyecek kadar az olabilir. - Tedaviye olumlu yanıt: Tedavi gören hastalarda viral replikasyon baskılanmış ve HBV DNA düzeyi düşmüş olabilir. - Enfeksiyonun kontrol altında olması: Virüs tamamen ortadan kalkmış veya enfeksiyonun ilerlemesi durmuş olabilir.

LongGene Q2000C cihazı, gerçek zamanlı PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile DNA ve RNA'nın amplifikasyonu (çoğaltılması) ve analiz edilmesi için kullanılır. Kullanım alanları: - Kalitatif analizler; - Kantitatif analizler; - Genetik hastalık tespiti; - Virüs veya patojen tespiti; - İlaç direnç analizleri; - DNA metilasyon çalışmaları; - SNP (Tek Nokta Mutasyonu); - HRM (Yüksek Çözünürlüklü Erime Eğrisi) analizleri; - Gen ekspresyon çalışmaları.

Evet, PCR ve PZR aynı tekniği ifade eder. PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu), belirli bir DNA parçasının kopyalanmasına ve çoğaltılmasına olanak sağlayan in vitro bir yöntemdir.

DNA'nın amplifikasyon yöntemleri şunlardır: 1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR): Belirli DNA parçalarının hedeflenmesi ve milyonlarca kopyasının amplifikasyonu için kullanılır. 2. Ligaz Zincir Reaksiyonu (LCR): Nükleik asidin amplifikasyonu için iki kısmi probun birleştirilmesini içerir. 3. Transkripsiyon-Mediated Amplifikasyon (TMA): RNA'nın DNA'ya ters transkripsiyonu ve ardından hedef RNA parçalarının amplifikasyonu için kullanılır. 4. Rolling Circle Amplifikasyon (RCA): Dairesel bir DNA'nın sürekli tek sarmallı DNA'ya kopyalanması yöntemidir. 5. Bütün Genom Amplifikasyonu: Genomun tamamını çoğaltmak için oligonükleotid primerler ve polimeraz kullanır.

SSR (Simple Sequence Repeats) ve AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) moleküler markörleri, genetik varyasyonları incelemek için kullanılan PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) tabanlı tekniklerdir. SSR markörleri: - Mikrosatellitler olarak da bilinir ve DNA'da 1 ila 6 nükleotid uzunluğundaki tekrar dizilerini içerir. - PCR primerleri, tekrar bölgelerini çevreleyen dizilere tasarlanır ve amplifiye edilir. - Elde edilen ürünün uzunluğu, tekrar sayısını yansıtır ve polimorfizmleri ortaya çıkarır. AFLP markörleri: - Restriksiyon enzimi sindirimi ile genomik DNA'nın kesilmesi ve ardından adaptör ligasyonu ile çalışır. - PCR primerleri, seçici amplifikasyon için adaptör dizilerine göre tasarlanır. - Amplifiye edilen fragmanlar, jel elektroforezi veya kılcal sekanslama ile ayrılır.

Real-time PCR'da 96-well veya 384-well formatına sahip özel mikroplaklar kullanılır. Bu plakların yanı sıra, PCR tüpleri de real-time PCR için kullanılabilir, ancak daha çok küçük ölçekli deneyler veya daha az sayıda numunenin analiz edildiği durumlarda tercih edilir.

PCR testi sonucu genellikle 1 ila 3 gün arasında çıkar. Ancak, test sonuçlarının çıkma süresi hastanenin yoğunluğuna göre değişebilir.

5 U/μL Taq Polimeraz, termofilik bir bakteri olan Thermus aquaticus bakterisinden elde edilen bir rekombinant DNA Polimeraz enzimidir. Bu enzim, 5 kb'a kadar uzunluktaki DNA fragmanlarının amplifikasyonu için kullanılır ve aşağıdaki özelliklere sahiptir: - Uzama hızı: Yaklaşık 0.9-1.2 kb/dakika (70-75°C). - Aktivite: 5' → 3' yönünde DNA sentezini katalize eder, ancak ölçülebilir 3' → 5' eksonükleaz aktivitesine (proofreading) sahip değildir. - Uygulamalar: PCR, DNA işaretleme, DNA dizileme ve klonlama.

Moleküler markör teknikleri üç ana grupta incelenir: 1. Hibridizasyona Dayalı Markörler: Bu teknikler, DNA'nın belirli bir bölgesinin radyoaktif problarla melezlenmesini içerir. 2. PCR'a Dayalı Markörler: Bu teknikler, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanarak DNA'nın belirli bölgelerini çoğaltır ve analiz eder. Bazı PCR'a dayalı markör teknikleri şunlardır: - RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA): Rastgele seçilmiş primerlerle DNA'nın çoğaltılması. - AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism): DNA'nın kesim enzimleri ile kesilmesi ve elde edilen parçaların PCR ile çoğaltılması. 3. Diğer Moleküler Markör Teknikleri: Bu teknikler arasında SSR (Simple Sequence Repeat), SNP (Single Nucleotide Polymorphism) ve SSCP (Single-Strand Conformation Polymorphism) bulunur.

RT-PCR (Reverse Transcription PCR) ve PCR (Polymerase Chain Reaction) arasındaki temel fark, amplifiye edilen molekül türüdür. - PCR çift sarmallı DNA'yı şablon olarak kullanır ve DNA'nın amplifikasyonunu sağlar. - RT-PCR ise tek sarmallı RNA'yı şablon olarak kullanır ve bu RNA'yı önce ters transkriptaz enzimi ile tamamlayıcı DNA'ya (cDNA) dönüştürür, ardından bu cDNA'yı amplifiye eder.