PCR

Evet, antikor ve PCR testleri aynı anda yapılabilir. Antikor testleri, daha önce COVID-19 enfeksiyonu geçirilip geçirilmediğini gösterirken; PCR testleri, aktif COVID-19 enfeksiyonunu tespit eder. Her iki testin de aynı anda yapılması, özellikle hastalığın tanısını desteklemek amacıyla kullanılabilir.

Swab test sonuçlarının çıkma süresi, yapılan testin türüne ve laboratuvarın kapasitesine bağlı olarak 24 ila 72 saat arasında değişebilir. Bazı swab testlerinin ortalama sonuç süreleri şu şekildedir: Nasal (burun) swabı (PCR). Nasal (burun) swabı (hızlı antijen). Boğaz swabı (strep testi). Vajinal swab (STD testi). Yara swabı. Ayrıca, ilişki DNA testleri (örneğin, babalık, kardeşlik) 1-2 iş günü içinde tamamlanır ve test tamamlanır tamamlanmaz sonuçlar hemen serbest bırakılır. Sonuç sürelerini etkileyen faktörler arasında şunlar yer alır: Laboratuvar iş yükü ve kapasitesi. Örnek taşıma süresi. Kalite kontrol prosedürleri.

Real-time PCR testinde pozitif sonuç, kişinin SARS-CoV-2 ile enfekte olduğunu gösterir. Real-time PCR, polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayanan bir moleküler biyoloji laboratuvar tekniğidir.

PCR'da 40 döngü, polimeraz zincir reaksiyonunun 40 kez tekrarlanması anlamına gelir. Bu süreç, genellikle 25-40 kez tekrarlanır ve her döngüde DNA miktarı yaklaşık olarak iki katına çıkar. PCR döngüsü, üç aşamadan oluşur: 1. Denatürasyon. 2. Primer bağlanması. 3. Uzama. Bu döngüler, başlangıçtaki DNA dizisinden milyonlarca yeni DNA parçacığı çoğaltmak için kullanılır.

Evet, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) aynı anlama gelir. PCR, belirli bir DNA parçasının kopyalanmasına ve çoğaltılmasına olanak sağlayan in vitro bir yöntemdir.

HBV-DNA PCR kantitatif saptanamadı ifadesi, Hepatit B virüsünün (HBV) DNA'sının belirli bir miktarının laboratuvar testiyle tespit edilemediği anlamına gelir. Bu durum, farklı anlamlar taşıyabilir: Tedaviye olumlu yanıt: Tedaviye başlandıktan sonra viral replikasyon baskılanır ve HBV DNA düzeyi azalır, bu da tedavinin etkili olduğunu gösterebilir. Enfeksiyonun düşük seviyesi: HBV DNA miktarı, standart testlerle tespit edilemeyecek kadar düşük olabilir. Virüsün tamamen ortadan kalkmış olması: Enfeksiyonun kontrol altında olduğunu veya tamamen ortadan kalkmış olabileceğini gösterebilir. Bu sonucun anlamı, klinisyenin yorumu ve hastanın klinik durumu ile birlikte değerlendirilmelidir. Eğer bu sonuçla karşılaşılırsa, laboratuvar testinin doğruluğu kontrol edilmeli ve doktorla iletişime geçilmelidir.

LongGene Q2000C, gerçek zamanlı PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile DNA ve RNA'nın amplifikasyonu (çoğaltılması) ve analiz edilmesi için kullanılan bir cihazdır. Uygulama alanları: kalitatif analizler; kantitatif analizler; genetik hastalık tespiti; virüs veya patojen tespiti; ilaç direnç analizleri; DNA metilasyon çalışmaları; SNP (tek nokta mutasyonu); HRM (yüksek çözünürlüklü erime eğrisi) analizleri; gen ekspresyon çalışmaları; erime eğrisi analizleri.

DNA'nın amplifikasyon yöntemleri üç ana gruba ayrılır: 1. Hedef amplifikasyon yöntemleri: Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR). Nucleic Acid Sequence Based Amplification (NASBA). Strand Displacement Amplification (SDA). 2. Prob amplifikasyon yöntemleri: Ligaz Zincir Reaksiyonu (LCR). 3. Sinyal amplifikasyon yöntemleri. Ayrıca, emülsiyon PZR, köprü amplifikasyonu ve DNA nanoball üretimi gibi ikinci ve üçüncü nesil dizileme teknolojileri için kullanılan amplifikasyon yöntemleri de bulunmaktadır.

SSR (Simple Sequence Repeats) ve AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms) moleküler markörleri şunlardır: SSR (Simple Sequence Repeats). AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms). Moleküler markörler, genomda herhangi bir gen bölgesi ya da gen bölgesi ile ilgili DNA parçasını temsil eder. Moleküler markörlerin kullanım alanlarından bazıları şunlardır: bitki ıslahı; popülasyon çalışmaları; gen bağlantı haritaları; genetik haritalama; genetik uzaklığın belirlenmesi; genetik çeşitlilik; ebeveyn tayini; akrabalık ilişkilerinin ortaya konması; melezleme ıslahında hibrit bitki tanısı; ebeveyn-döl tanısı.

Real-time PCR'da kullanılan plaklar hakkında bilgi bulunamadı. Ancak, real-time PCR'da kullanılan bazı bileşenler şunlardır: DNA polimeraz ve revers transkriptaz. dNTP (deoksiribonükleotid trifosfatlar). Mg++. Kalıp DNA. Primerler. Ayrıca, real-time PCR'da floresan raportör problar, SYBR Green I gibi çift zincirli DNA bağlayıcı boyalar ve moleküler boncuklar gibi floresan raportörler de kullanılır.

PCR testinin sonuçlanma süresi, testin yapıldığı laboratuvara, test yapılan kişi sayısındaki yoğunluğa ve kullanılan PCR testinin türüne göre farklılık gösterebilir. Hızlı PCR makineleriyle yapılan testlerde birkaç saat içinde sonuç alınabilir. Standart laboratuvar tabanlı testlerde ise bu süre 24-72 saat arasında değişebilir. Ayrıca, testin yapıldığı kurumun kapasitesi, sonuçların inceleneceği laboratuvarın yakınlığı ve o an test yaptıran kişilerin sayısı gibi faktörler de sonuç alma süresini etkileyebilir.

Moleküler markör teknikleri arasında şunlar bulunur: RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). PCR (Polymerase Chain Reaction). AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). SSR (Simple Sequence Repeats). SNP (Single Nucleotide Polymorphism). ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA). Bu teknikler, bitki ıslahı, genetik haritalama, genetik çeşitlilik çalışmaları ve markör destekli seleksiyon gibi alanlarda kullanılır.

5 U/μL Taq polimeraz, Thermus aquaticus bakterisinden elde edilen, DNA'nın 5'→3' sentezini katalize eden yüksek kaliteli saflaştırılmış rekombinant bir enzimdir. Bazı özellikleri: Moleküler ağırlık: 94 kDa. Uzama hızı: ~0.9-1.2 kb/dakika (70-75°C). Aktiviteler: 5’ – 3’ polimeraz ve deoxynucleotidyl transferase aktivitelerine sahiptir; 5’ – 3’ ekzonükleaz aktivitesi yoktur, ancak 3’ – 5’ ekzonükleaz aktivitesi çok düşük seviyededir. Kullanım alanları: 5 kb'a kadar uzunluktaki DNA fragmanlarının amplifikasyonu, DNA işaretleme, dizileme ve klonlama için PCR. 5 U/μL Taq polimeraz, Nepenthe ve Hibrigen gibi firmalardan temin edilebilir.

RT-PCR (Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) arasındaki temel farklar şunlardır: Şablon Kullanımı: PCR, çift zincirli DNA şablonunu kullanırken, RT-PCR tek zincirli RNA şablonunu kullanır. Enzimler: PCR'de DNA polimeraz kullanılırken, RT-PCR'de ters transkriptaz ve DNA polimeraz kullanılır. Ek Adım: RT-PCR, RNA'nın tespit ve amplifikasyonuna olanak tanıyan ek bir ters transkripsiyon adımına sahiptir. PCR ve RT-PCR'nin bazı kullanım alanları: PCR: Genetik test, patojenik DNA tespiti, DNA klonlama ve dizileme. RT-PCR: Belirli bir dokudaki gen ifadesinin gözlemlenmesi, mRNA miktarının ölçülmesi, gen ekspresyon analizi.

Taq ve Bst DNA polimeraz arasındaki bazı farklar şunlardır: Isıya dayanıklılık: Taq DNA polimeraz, 95°C gibi yüksek sıcaklıklara dayanabilir. Enzim aktivitesi: Bst DNA polimeraz, 5'→3' DNA polimeraz aktivitesine sahiptir ve 5'→3' ile 3'→5' eksonükleaz fonksiyonlarından yoksundur. Kullanım alanı: Bst DNA polimeraz, izotermal amplifikasyon (LAMP, WGA, RCA gibi yöntemler) için tercih edilir. Hata oranı: Bst DNA polimeraz, Taq DNA polimeraza göre daha yüksek spesifik aktivite, kcat ve prosesiviteye sahiptir. Her iki polimeraz da farklı deneysel ihtiyaçlara göre seçilmelidir.

PCR testi örnek formunun nasıl doldurulacağına dair bilgi bulunamadı. Ancak, PCR testi için numune kabul formunda bulunması gereken bazı bilgiler şunlardır: Numunenin tanımı. Numune türü. Saklama koşulları. Ön işlemler. Ayrıca, PCR testi için "REAL-TİME PCR Numune Kabul Kriterleri" okunduktan sonra "REAL-TİME PCR İstek Formu" eksiksiz olarak doldurulmalıdır. PCR testi için numune formu doldurma hakkında daha fazla bilgi almak için ilgili sağlık kuruluşunun mikrobiyoloji bölümüne veya PCR laboratuvarına başvurulması önerilir.

Sağlık Bakanlığı'nın 25 Kasım 2020 tarihli güncellemesine göre, asemptomatik sağlık çalışanları, ilk pozitif PCR testinden 7 gün sonra, 24 saat arayla yapılan iki PCR testinin de negatif çıkması durumunda işe dönebilir. PCR testlerinin hatalı sonuç verme olasılığı bulunduğunu göz önünde bulundurmak gerekir.

Omicron varyantı için PCR testi yeterlidir, ancak kesin sonuç için tam gen analizi yapılması gereklidir. PCR testlerinde, Omicron varyantı için bir işaret olabilecek "Spike/dikensi protein (S), Nükleokapsit (N2) ve Zarf (E) genlerine" bakılır. Ayrıca, hızlı antijen testlerinin de Omicron varyantının tanısında kullanılabileceği, ancak dünya sağlık örgütünün önerdiği kriterler doğrultusunda, semptomatik hastaların COVID-19 tanısında hızlı sonuç almak için oldukça yararlı olduğu belirtilmiştir. Ancak, SARS-CoV-2 genomundaki primer ve prob hedef bölgelerindeki mutasyonlar ve örnekleme yapılan yerlerin farklılığı gibi durumlar yanlış negatif sonuçlara neden olabilir. Omicron varyantının yaygınlığını tespit etmek için yapılan taramaların yeterli olmadığı, bu nedenle Türkiye'de varyant analizinin daha yaygın yapılması gerektiği de uzmanlar tarafından belirtilmiştir.

PCR flora bakterileri hakkında bilgi bulunamadı. Ancak, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) testi, DNA veya RNA örneklerindeki belirli genetik materyalin varlığını tespit etmek için kullanılan bir yöntemdir. Bazı kullanım alanları: Viral hastalıkların teşhisi. Bakteriyel hastalıkların teşhisi. Kalıtsal hastalıkların tanısı. PCR testi, solunum yolları, gastrointestinal sistem ve diğer örneklerde patojen etkenlerin saptanmasında da kullanılır.

V. cholerae bakterisi, aşağıdaki primerler ile ayırt edilebilir: Biyokimyasal testler: Oksidaz testi: V. cholerae oksidaz pozitiftir, bu da onu Enterobacteriaceae gibi oksidaz negatif bakterilerden ayırır. String testi: Vibrio cinsini (çoğunlukla pozitif) Aeromonas'tan (neredeyse her zaman negatif) ayırt etmek için kullanılan hızlı ve basit bir yöntemdir. Serolojik gruplama: V. cholerae, serolojik olarak O1 ve O139 serogrupları olarak gruplandırılır. Kültürel özellikler: Tatlı sularda yaşasa da halotolerant özelliği ile %4'e kadar tuz içeren sularda da üreyebilir. Optimum ürediği su aktivite değeri (aw) 0.98 olup 0.97-0.99 aralığında da gelişebilir. Kesin tanı için dışkı (gaita) testi ve TCBS (Thiosulphate citrate bile salt sucrose) agar kullanımı da önemlidir.