RT-PCR (Reverse Transcription PCR) ve qPCR (Kantitatif PCR) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Başlangıç Materyali: RT-PCR, RNA ile çalışırken, qPCR hem DNA hem de RNA ile çalışabilir. 2. Enzimler: RT-PCR, ters transkriptaz ve DNA polimeraz enzimlerini kullanırken, qPCR sadece DNA polimeraz enzimini kullanır. 3. Amplifikasyon: RT-PCR, RNA'nın cDNA'ya dönüştürülmesinden sonra amplifikasyon yaparken, qPCR doğrudan DNA veya cDNA'nın amplifikasyonunu izler. 4. Gerçek Zamanlı İzleme: qPCR, amplifikasyon sürecini gerçek zamanlı olarak izler ve floresan problar veya boyalar kullanarak miktarı ölçer, RT-PCR ise sadece amplifikasyonun sonunda sonuç verir. 5. Duyarlılık: qPCR, daha hassas olup düşük seviyelerde DNA veya RNA moleküllerini tespit edebilirken, RT-PCR sadece dönüştürülmüş cDNA moleküllerini tespit edebilir.