Oligosakkaritler çeşitli besinlerde bulunur, bunlar arasında: Baklagiller: Nohut, mercimek, fasulye. Tam tahıllar: Yulaf, arpa, buğday, kahverengi pirinç. Sebzeler: Soğan, sarımsak, pırasa, enginar, yer elması. Meyveler: Muz, avokado, elma. Süt ürünleri: Özellikle anne sütü, laktoz gibi oligosakkaritler içerir. Kuruyemişler ve tohumlar: Badem, ceviz, chia tohumu. Ayrıca, bazı işlenmiş gıda ürünlerine de prebiyotik özellikleri nedeniyle oligosakkaritler eklenir.