Mikrobiyoloji

Deniz kumunun tehlikeli olmasının bazı nedenleri: Tuz içeriği: Deniz kumu, yüksek oranda tuz içerir ve bu tuz, beton içindeki demir donatı ile reaksiyona girerek paslanmaya (korozyon) neden olur. Yapısal özellikler: Deniz kumunun yuvarlak ve pürüzsüz yapısı, betonun mukavemetini olumsuz etkiler. Kirlilik: Deniz kumunda midye kabukları ve organik malzemeler gibi istenmeyen maddeler bulunabilir. Ek maliyet ve iş gücü: Deniz kumunun temizlenmesi ek maliyet ve iş gücü gerektirir, ancak bu işlem bile tüm riskleri tamamen ortadan kaldırmaz.

Mikroskobik canlıların hastalıklara neden olduğunu ilk kez açıklayan kişi Athanasius Kircher'dir. Kircher, 1646 yılında yazdığı bir kitapta, hastalık ve kokuşmanın (çürüme) görünmez canlı cisimlerin varlığından kaynaklandığını öne sürmüştür. Ancak, mikroorganizmaların hastalığa neden olduğu konusundaki kesin kanıtlar ve mikrop teorisi, daha sonra Louis Pasteur ve Robert Koch tarafından geliştirilmiştir.

Acetobacter ve Gluconobacter, asetik asit bakterilerini içeren iki bakteri cinsidir. Acetobacter cinsinin özellikleri: Genç hücreler: Gram negatif, yaşlı hücreler gram değişken. Spor oluşturmayan: Oksijenli solunum yapar, katalaz pozitif. Çubuk şeklinde: Hareketli ve hareketsiz türleri vardır. Fonksiyon: Etanolü asetik aside okside eder, asetik asit ve laktik asidi karbondioksit ve suya dönüştürür. Gluconobacter cinsinin özellikleri: Gram negatif: Yaşlı hücreler Gram pozitif olabilir. Mutlak aerob: Katalaz pozitif, oksidaz negatif. Çubuk şeklinde: Polar flagellumlu, bazıları hareketsiz. Fonksiyon: Etanolü asetik aside okside eder, endüstride C vitamini üretiminde kullanılır. Bu bakteriler, özellikle sirke ve kombucha gibi fermente ürünlerin üretiminde rol oynar.

Mikrobiyoloji laboratuvarında kullanılan bazı malzemeler: Cam malzemeler: Petri kutusu, deney tüpü, durham tüpü, pasteur pipeti, erlenmayer, balon joje, beher, huni, mezür. Ekim gereçleri: Öze, iğne, eküvyon, spatül. Diğer malzemeler: Etüv (inkübatör), sterilizatör, pH metre, rotary çalkalayıcı, teraziler, buzdolabı, derin dondurucu, manyetik karıştırıcı, mikroskop. Ayrıca, sıvı ve katı besiyerleri, pipet ve pipet uçları, diseksiyon malzemeleri, koruma ürünleri, krozeler, laboratuvar kırtasiyesi gibi ürünler de kullanılmaktadır.

En soğuk bakterinin adı psikrofil (soğuk seven) bakterilerdir. Bu bakteriler, 20°C’nin altındaki sıcaklıklarda çoğalabilirler. Bazı psikrofil bakteri türleri: Akromobakter (Achromobacter); Alkaligenez; Psödomonas; Streptokoklar.

Mikrobiyoloji için bazı önerilen kitaplar: Genel Mikrobiyoloji Laboratuvar Kılavuzu. Veteriner ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarlarındaki Biyolojik Tehlikeler ve Biyogüvenlik. Palme Nelson Pediatrik Antimikrobiyal Tedavi Cep Kitabı. Brock Biology of Microorganisms. Microbiology: An Introduction. Medical Microbiology. Lange Review of Medical Microbiology and Immunology. Jawetz, Melnick & Adelberg’s Medical Microbiology. Murray Medical Microbiology. Prescott’s Microbiology. Kitap seçimi, mikrobiyoloji alanındaki ilgi ve ihtiyaçlara göre değişiklik gösterebilir.

Eski mezarlardan gaz çıkmasının nedeni, cesedin çürüme sürecinde ortaya çıkan kimyasal reaksiyonlardır. Bu gazlar genellikle şu bileşenlerden oluşur: metan (CH4); karbondioksit (CO2); amonyak (NH3). Gazlar, cesedin içinde biriken ve zamanla çevreye veya yeraltı su kaynaklarına yayılan gaz kabarcıkları olarak ortaya çıkar.

Kokobasil, tıpta morfolojik olarak yuvarlak biçimiyle çubuk biçimi arasında yer alan bakterilerin oluşturduğu bir grubu ifade eder. Kokobasil bakteriler, hem oval yapılı hem de çubuk yapılı bakterileri içerir. Kokobasil olarak tanımlanan bazı bakteri türleri şunlardır: Haemophilus influenzae; Gardnerella vaginalis; Chlamydia trachomatis; Aggregatibacter actinomycetemcomitans; Acinetobacter suşları; Bordetella pertussis; Yersinia pestis; Coxiella burnetii; Brucella cinsi bakteriler.

Mikrobiyolojide kullanılan bazı ekim yöntemleri: Yayma plak yöntemi. Çizme (sürme) yöntemiyle ekim. Dökme plak yöntemi. Çizgi ekim. Batırma kültürü. Swab ile doğrudan yayma. Ekim işlemleri sırasında, hava akımlarının önlenmesi, işlemin alev yanında yapılması ve örneklerin uygun şekilde etiketlenmesi gibi genel kurallara dikkat edilir.

Siyanobakteriler ve bakteriler arasındaki bazı farklar şunlardır: Oksijen Üretimi: Siyanobakteriler, oksijenik fototrof organizmalardır ve fotosentez yoluyla oksijen üretirler. Hücre Yapısı: Siyanobakteri hücreleri prokaryotik organizasyona sahiptir ve zarlı organelleri yoktur. Azot Bağlaması: Siyanobakteriler, havanın serbest azotunu tespit edebilir ve bu yönüyle bakterilere benzerler. Ekolojik Rol: Siyanobakteriler, dünya atmosferinin oksijenli hale gelmesinde önemli bir rol oynamıştır. Bu farklar, siyanobakterilerin ve bakterilerin genel özelliklerini özetlemektedir. Her iki grup da çeşitli türler ve alt kategoriler içerebilir.

Maya mantarlarının bazı özellikleri: Ökaryot ve tek hücrelidirler. Fungi (mantarlar) alemi içerisinde sınıflandırılırlar. Kökenleri 300 milyon yıl öncesine kadar uzanır ve bilinen en az 1500 türü bulunur. Tomurcuklanma, konjugasyon ve spor oluşturma yoluyla ürerler. Zorunlu aerobik veya istemli anaerobik (fakültatif anaerobik) fizyolojiye sahip olabilirler. Bazı türleri, pseudohif olarak bilinen, birbirine zincirleme eklenen tomurcuklanmış hücre dizileri oluşturarak çok hücreli organizma benzeri özellikler gösterebilir. Fermantasyon yoluyla şekerleri metabolize ederek karbondioksit gazı ve alkol üretirler. Bazı maya türleri, ekmek kabartmak, alkollü içki fermantasyonu ve hatta yakıt pillerinin çalışmasında kullanılır. Bazı mayalar, örneğin Candida albicans, insanlarda enfeksiyona yol açabilir.

Vibriolar için kullanılan PCR yöntemleri arasında aşağıdakiler bulunmaktadır: Real-time PCR. Genus-spesifik PCR. Ayrıca, Vibrio parahaemolyticus'un tespiti için İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) yöntemi de kullanılmaktadır. PCR testi, bir patojenin genetik materyalinin bir örnekte bulunup bulunmadığını tespit etmek için kullanılan moleküler bir tanı aracıdır. PCR yönteminin uygulanması uzmanlık gerektirdiğinden, testin bir sağlık profesyoneli tarafından yapılması önemlidir.

Bakteri kapsülü, bakteri hücre duvarının dışında yer alan, genellikle polisakkaritlerden oluşan bir tabakadır. Bakteri kapsülünün bazı işlevleri: Fagositoza karşı koruma. Kurumaya karşı koruma. Kimyasal ve fiziksel faktörlere karşı direnç. Antijenik özellik. Kapsül, bakterinin patojenik özelliklerini artırabilir, ancak kapsüllü her bakteri patojenik değildir.

Antibiyotiklerin arkeleri etkilememesinin birkaç nedeni vardır: Hücre duvarı yapısı: Arkelerin hücre duvarında peptidoglikan bulunmaz, bunun yerine protein veya polisakkarit tabakaları bulunur. Ribozom yapısı: Arkelerin ribozom yapısı, bakterilerden ve ökaryotlardan farklıdır ve antibiyotiklerin hedef aldığı ribozom bölgelerine bağlanmaz. Enzim farklılıkları: Arkelerde DNA ve RNA sentez mekanizmaları bakterilerden farklıdır. Antibiyotik direnç mekanizmaları: Arkeler, antibiyotikleri hücre dışına atan taşıma sistemlerine sahiptir ve çevresel koşullara hızla adapte olabilirler. Evrimsel etki: Arkeler, antibiyotik baskısına maruz kalmamışlardır, bu nedenle antibiyotiklere karşı hassasiyet geliştirmemişlerdir.

"Azalmış az yoğun 2+ aspergillus fumigatus üredi, kolonizasyon düşünüldü" ifadesi, vücutta Aspergillus fumigatus mantarının tespit edildiğini ve bu durumun kolonizasyon (taşıyıcılık) olarak değerlendirildiğini ifade eder. Aspergillus fumigatus, genellikle toprak, çürüyen bitki materyali ve organik atıklar gibi ortamlarda bulunan bir mantar türüdür. Kolonizasyon, enfeksiyonun varlığına işaret edebileceği gibi, sadece mantarların solunum yollarında bulunması anlamına da gelebilir. Kesin tanı ve uygun tedavi için bir sağlık uzmanına danışılması önerilir.

Prokaryot ve ökaryot saprofit kavramlarına dair bilgi bulunamadı. Ancak, prokaryot ve ökaryot hücreler hakkında bilgi verilebilir. Prokaryot hücreler: Çekirdek ve zarlı organeller içermeyen, genellikle tek hücreli organizmalardır. Ökaryot hücreler: Çekirdek ve zarlı organeller içeren hücrelerdir. Saprofit ise, organik maddeleri ayrıştırarak beslenen organizmaları ifade eder. Ancak, prokaryot veya ökaryot saprofit kavramlarına dair spesifik bir bilgi mevcut değildir.

Aerobiyoloji, havaya karışmış organik parçaları (bakteri, mantar sporları, polenler, çok küçük böcekler) araştıran bir biyoloji dalıdır. Bu bilim dalı, organizmaların ve biyolojik olarak önemli diğer materyallerin atmosfer yoluyla taşınmasını inceler. Aerobiyoloji, palinoloji, aerosol fiziği, alerji, mikrobiyoloji, biyometroloji, botanik ve entomoloji gibi çeşitli bilim dallarını kapsar. Aerobiyoloji, sadece dış ortamı değil, iç ortamda yoğunlukla yer alan küf mantarı sporları ve akarlar gibi alerjenleri de inceler.

Doğal kaynak suyunda aranan bazı parametreler şunlardır: Fiziksel parametreler: renk, tat, koku, sıcaklık, bulanıklık, katılar ve elektriksel iletkenlik. Kimyasal parametreler: pH, asitlik, alkalinite, klor, sertlik, çözünmüş oksijen ve biyolojik oksijen talebi. Biyolojik parametreler: bakteri, alg ve virüsler. Ayrıca, doğal kaynak sularında aşağıdaki mikrobiyolojik parametrelere de bakılır: E. coli ve diğer koliformlar; fekal streptokoklar; sülfit redükte eden sporlu anaeroblar; pseudomonas aeruginosa. Doğal kaynak sularının kalitesi, "İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelik" ve "Doğal Mineralli Sular Hakkında Yönetmelik" gibi yönetmeliklere göre belirlenir.

Pseudomonas cinsi bakteriler, 4 ila 42 °C arasındaki sıcaklıklarda yaşayabilir. Optimal üreme sıcaklığı ise 30-37 °C arasındadır. Pseudomonas aeruginosa, 4 °C'de üreyemez. Pseudomonas mallei ise 55 °C'de 1 saat, 60 °C'de ise 15 dakikada ölür.

Kirby-Bauer disk difüzyon testi şu adımlarla gerçekleştirilir: 1. Agar Plakasının Hazırlanması ve Bakterinin Ekimi: Mueller-Hinton agar plakasının yüzeyi, bir hastanın enfeksiyonundan izole edilen bakterilerle aşılanır. Bunun için, steril bir swab ile bir bakteri kültürü tüpünden alınır, fazla sıvı uzaklaştırılır ve agar plakasının yüzeyinde bakteri çimi oluşturacak şekilde yayılır. 2. Antibiyotik Disklerinin Eklenmesi: Plakaya, antibiyotik içeren kağıt diskler yerleştirilir. Diskler, steril forseps ile dikkatlice agar yüzeyine bastırarak yerleştirilir. 3. İnkübasyon: Plakalar, genellikle 35°C'de bir gece inkübasyona bırakılır. 4. Zon Büyüklüğünün Ölçülmesi: İnkübasyondan sonra, her diskin çapı dahil olmak üzere inhibisyon zonlarının çapı ölçülür ve kaydedilir. 5. Yorumlama: Ölçülen zon büyüklükleri, bilinen antibiyotik duyarlı, orta derecede duyarlı ve dirençli bakterilerle ilgili veritabanlarıyla karşılaştırılarak her antibiyotiğe karşı bakteriyel izolatın duyarlılığı belirlenir. Test, tutarlı ve doğru sonuçlar elde etmek için standart prosedürlere uyulmasını gerektirir.