Faruk Çelik, farklı dönemlerde iki kez bakanlık görevinden istifa etmiştir: 1. Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı: Faruk Çelik, 22 Mayıs 2014 tarihinde Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı görevinden, kendisine yöneltilen istifa çağrılarına yanıt olarak, "Siyasi sorumluluğun gereği neyse yapılır" diyerek istifa etmiştir. 2. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı: Faruk Çelik, 19 Temmuz 2017 tarihinde Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı görevinden, et ithalatı lobisinin baskıları ve "Milli Tarım" politikasını gündeme getirmesi nedeniyle istifa etmiştir.