Bakterilerde gen klonlama aşamaları şunlardır: 1. Genin İzolasyonu: İlgi duyulan gen, DNA'nın organizmadan çıkarılmasıyla izole edilir. 2. Vektör Seçimi: İzole edilen gen, plazmid veya virüs gibi bir taşıyıcı (vektör) aracılığıyla bakteriye aktarılmalıdır. 3. Vektör ve Genin Birleştirilmesi: İzole edilen gen ve seçilen vektör, restriksiyon enzimleri kullanılarak birleştirilir ve bu işlem ligaz enzimleri ile gerçekleştirilir. 4. Transformasyon: Birleştirilen DNA parçaları bakterilere aktarılır, bu işleme "transformasyon" denir. 5. Seçim ve Analiz: Transformasyondan sonra, başarılı bir şekilde gen almış bakterilerin seçimi yapılır ve bu bakteriler antibiyotik içeren bir ortamda test edilir. 6. Ekspresyon ve Karakterizasyon: Klonlanan genin ekspresyonu sağlanır ve bakterilerde hedef genin protein olarak ifade edilmesi sağlanır.