Nonpolar amino asitler, yan zincirlerinde (R grubu) polar olmayan ve yük taşımayan amino asitlerdir. Bu tür amino asitler, hidrofobik (su korkan) özellik gösterirler ve proteinlerin iç kısmında yer alarak onlara üç boyutlu yapılarını kazandırırlar. Bazı nonpolar amino asitler: alanin, valin, lösin, izolösin, fenilalanin, glisin, triptofan, metiyonin ve prolindir.