Şirden mayası ile yapılan peynirler, probiyotik özellikleri sayesinde daha iyi olarak kabul edilir. Bunun yanı sıra, bitkisel veya mikrobiyal mayalar da peynir üretiminde kullanılabilir ve özellikle veganlar için tercih edilebilir. Peynir mayasının türü, üretilen peynirin çeşidine ve istenen sonuçlara göre değişir.