E-fatura ve e-defter geçiş ücreti hesaplaması, işletmenin büyüklüğüne, işlem hacmine ve tercih edilen entegrasyon yöntemine göre değişiklik gösterir. E-fatura geçişinde karşılaşılabilecek bazı maliyet kalemleri: Başvuru ve mali mühür ücreti: Şahıs firmaları için ortalama 2.000 TL, şirketler için ise ortalama 3.000 TL'dir. E-fatura yazılım ve entegrasyon ücretleri: GİB portalı ücretsiz kullanılabilir veya özel entegratörlerden hizmet alınabilir; bu ücretler yıllık 1.500 TL ile 10.000 TL arasında değişebilir. E-fatura kullanım ücretleri: Kesilen fatura başına 0,10 TL ile 0,50 TL arasında bir ücret ödenebilir. Teknik destek ve eğitim maliyetleri: Bazı entegratör firmalar bu hizmetler için ekstra ücret talep edebilir; bu ücretler saatlik 500 TL'ye kadar çıkabilir. E-defter geçişinde ise: Mali mühür ücreti: Tüzel kişiler için 3 yıllık mali mühür sertifikası ve kart okuyucu paketi 1.440 TL'dir. Maliyetlerin detaylı hesaplanması için özel entegratörlerden destek alınması önerilir.