Pepsinojen, midedeki baş hücreler (chief cells) tarafından salgılanır. Ayrıca, pepsinojenin farklı türleri farklı hücrelerden salınır: Pepsinojen I, mide korpusunda, parietal hücrelere komşu esas hücrelerden ve fundik glandlardaki mukus boyun hücrelerinden salgılanır. Pepsinojen II, mide mukozasının her yerinden, pilorik ve Brunner bezi hücrelerinden salgılanır.