Mantar kompostu pastörizasyonu şu yöntemlerle yapılabilir: Buharla pastörizasyon: Nemli kompost, kare kazanlar içerisine yerleştirilir. 65 derece gibi yüksek bir sıcaklıkta bir saat boyunca pastörize edilir. Isının komposta iletilmesi için metal kazanlar kullanılır ve bu kazanların altı deliktir. Kazanın üstünden verilen buhar, kompostun içinden geçer ve delik kazanın altından çıkar. İşlem bittiğinde, havası temiz ve bol oksijenli bir alanda kompost, 25 derecelik sıcaklığa gelene kadar soğutulur. Haşlama yöntemi: Tel sepete atılan samanlar, 60 derecelik sıcaklığa sahip suyun içinde 30-60 dakika bekletilir. İşlem bittikten sonra samanların süzülmesini bekleyip, 25 derecelik sıcaklığa gelene kadar beklettikten sonra, miselleme işlemi gerçekleştirilir. Ayrıca, pastörizasyon kimyasallarla da yapılabilir, ancak bu yöntem insan sağlığına ve mantar verimine olumsuz etki edebileceği için önerilmez. Pastörizasyon işlemi, kompostun içindeki zararlı mikroorganizmaları azaltarak hastalıkların oluşmasını engeller.