Jeotermalin zararları şunlardır: Gaz emisyonları: Jeotermal santrallerden çıkan duman ve gazlar, özellikle hidrojen sülfür, insan sağlığına zararlıdır. Su ve toprak kirliliği: Jeotermal akışkanlar, bor, arsenik, florür gibi ağır metaller içerir ve bu maddeler yeraltı ve yüzey sularını kirletir. Toprak kayması: Yeraltı kaynaklarının çıkarılması, yeraltı yapısının bozulmasına ve toprak kaymalarına neden olabilir. Termal kirlilik: Sıcak atık suların nehir, dere ve göllere verilmesi, bu ortamlardaki canlı yaşamını yok edebilir. Doğal yaşama etki: Jeotermal tesisler, doğal yaşam alanlarını etkiler ve bitki örtüsü ile hayvanların yaşam alanlarını daraltır. Görüntü kirliliği: İletim boruları, tarım alanları ve sulama kanallarından geçirildiğinde görüntü kirliliğine yol açar. Bu zararların önlenmesi için jeotermal akışkanların re-enjeksiyon yöntemiyle yer altına geri basılması gereklidir.