Yozgat'ın biyoçeşitliliği şu şekilde özetlenebilir: Bitki örtüsü: Yapılan arazi çalışmaları sonucunda 1526 damarlı bitki türüne rastlanmıştır. Memeliler: İl sınırlarında 49 memeli türü bulunmaktadır. Sürüngenler ve çift yaşamlılar: 20 sürüngen türü ve dört çift yaşamlı türü (Hyla orientalis, Pelophylax ridibundus, Rana macrocnemis, Bufotes variabilis) tespit edilmiştir. Balıklar: Akarsu, baraj gölü ve göletlerde 22 iç su balığı türü bulunmaktadır. Kuşlar: Yozgat'ta 67 kuş türü kaydedilmiştir ve arazi çalışmaları sonucunda toplam 213 kuş türü tespit edilmiştir. Ayrıca, Yozgat, nesli tükenmekte olan su samuru (Lutra lutra), alaca sansar (Vormela peregusna), boz ayı (Ursus arctos) ve yer sincabı (Spermophilus xanthoprymnus) gibi hayvanlara ev sahipliği yapmaktadır.