Türkiye Yüzyılı Maarif Modeli'nin dezavantajları şu şekilde sıralanabilir: 1. Dil ve Kavram Problemi: Programların ciddi bir dil ve kavram problemi olduğu, özellikle disiplinler arası kavramların belirsiz kullanıldığı belirtilmiştir. 2. İçerik Sadeleştirmesi: Konu sayılarında azaltma yapılmış olsa da, öğretmenin ve öğrencinin yükünün aslında arttığı, yeni yetkinliklerin kazandırılmasının ilave zaman ve çaba gerektirdiği ifade edilmiştir. 3. Öğretmen Eğitimleri: Öğretmenlerin programı uygulayabilecek yetkinlikte olmaması, programın başarısını olumsuz etkileyebilir. 4. Farklılaştırma: Farklılaştırma uygulamalarının klasik özel eğitimci bakış açısını yansıttığı ve yetersiz kaldığı belirtilmiştir. 5. Felsefi Temel: Programın sağlam bir felsefi temele dayanmadığı ve ülkenin mevcut gerçekleri bağlamında iddiasının sınırlı kaldığı öne sürülmüştür. 6. Ölçme ve Değerlendirme: Ölçme ve değerlendirme sürecinde objektiflik ve tutarlılık sorunlarının yaşanabileceği belirtilmiştir.