Tüp bebek merkezi yönetim sistemi, tüp bebek kliniklerinin tüm iş akışlarını bilgisayar ortamında takip edebilmelerine olanak sağlayan yazılımlardır. Bu sistemler sayesinde: Tüm hasta işlemleri hızlı ve hatasız bir şekilde takip edilebilir. Rapor ve analizler ile merkezin performansı, kalite yönetimi ve hasta memnuniyeti ölçülebilir. Bilimsel araştırmalar için tanı, yaş ve birçok kritere göre esnek raporlar elde edilebilir. Hastaların tüm verileri güvenli bir veri tabanında tutulur ve bu verilere uzaktan erişim sağlanabilir. Bazı yönetim sistemi örnekleri şunlardır: TupbebeX: DegoDe Teknoloji tarafından geliştirilen bu yazılım, siklus takipleri, IVF laboratuvar işlemleri, PGT genetik testler, kan tahlilleri, randevu yönetimi, onam formları ve cerrahi işlemler gibi modüller içerir. İstanbul Tüp Bebek ve Kadın Sağlığı Merkezi: Hasta işlemlerinin bilgisayar ortamında takip edilebilmesi için özel bir yazılım kullanmaktadır.