Kalki 2898 AD filmi, Hindu tanrısı Vishnu'nun modern zaman avatarının hikayesini anlatıyor. Filmde, 2898 yılında kıyamet sonrası bir dünyada, Kasi şehrinde geçen olaylar işleniyor. Bir gün, Kompleks'te Project K adlı bir deney kapsamında yapay döllenme yoluyla üretilen fetüslerden serum elde etme çalışmaları sırasında, hamile kadınlardan biri olan SUM-80'in 150 günlük hamileliği ortaya çıkar ve kadın, çıkarma prosedürüne zorlanır. Raia ve Vishnu'nun reenkarne olmuş veya soyundan gelen Ashwatthama, Kalki'nin annesini bulmak için bir araya gelirler.