Protonun pozitif yüklü olmasının nedeni, iç yapısında bulunan kuarkların elektrik yüklerinin toplamıdır 2.

Proton, iki yukarı kuark (up quark, u) ve bir aşağı kuark (down quark, d) içeren bir baryondur 2. Kuarkların kendilerine özgü elektrik yükleri vardır:

Bu yüklerin toplamı şu şekilde hesaplanır 2:

(+2/3 e) + (+2/3 e) + (-1/3 e) = +1 e 2.

Bu hesaplama, protonun toplam yükünün daima +1 e olduğunu gösterir 2. Yani, proton pozitif yüklüdür 2.

Protonun pozitif yüklü olması, aynı zamanda elektronun negatif yüklü olmasıyla da ilişkilidir 5. Evrendeki bütün protonlar 1,6 x 10−19 değerinde pozitif yüke sahiptirler 5. Bu, atomlardaki çeşitli protonların birbirlerini itmelerini sağlar 5. Ancak aradaki çekim, itmeden 100 kez daha güçlü olduğu için protonlar birbirlerinden ayrılmazlar 5.