Otopsi sırasında kesilen organlar, otopsi türüne ve yapılma amacına göre değişiklik gösterebilir. Adli otopside genellikle şu organlar kesilir: Beyin: Kafatasından çıkarılarak incelenir. Akciğerler: Bronşlar ayrıldıktan sonra kesilir ve seri kesitlere tabi tutulur. Kalp: Kanın akış yönünde açılır. Karaciğer: İncelenir ve doku örnekleri alınır. Böbrekler: Korteks, medulla ve pelvis incelenecek şekilde kesilir. Mide ve bağırsaklar: Duvar katları incelenir, anormal görünen bölgelerden örnek alınır. Ürogenital organlar: Kadın otopsilerinde uterus, tüpler ve overler çıkarılır. Klinik otopside ise yalnızca vücudun belirli bölümleri açılır ve doğal ölüm nedeni belirlenir. Otopsi işlemleri, uzman adli tıp görevlileri ve patologlar tarafından standart tıbbi ve adli protokollere uygun şekilde yapılır.