Chitayat sendromu, genetik mutasyonlardan kaynaklanır. Bu sendromun belirli nedenleri şunlardır: ERF genindeki değişiklikler: Chitayat sendromu, ERF geninde meydana gelen spesifik bir mutasyon sonucu ortaya çıkar ve bu gen, kromozom 19'un uzun kolunda (19q13.2) bulunur. Otozomal dominant kalıtım: Mutasyon, otozomal dominant bir şekilde iletilir, yani semptomların ortaya çıkması için genin sadece bir kopyasının değişmiş olması yeterlidir. Diğer Chitayat sendromu türleri, farklı ERF gen varyantları ile ilişkilendirilmiştir.