İSKİ'nin yönetim şeması şu organlardan oluşur: 1. Genel Kurul: İstanbul Büyükşehir Belediye Meclisi, İSKİ Genel Kurulu olarak görev yapar. 2. Yönetim Kurulu: Bir başkan ve beş üyeden oluşur, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı yönetim kurulunun başkanıdır. 3. Denetçiler: İSKİ'nin işlemleri, iki denetçi tarafından denetlenir. 4. Genel Müdürlük: Genel Müdür, Genel Müdür Yardımcıları, Hukuk Müşavirliği, Teftiş Kurulu Başkanlığı ve Daire Başkanlıkları gibi birimlerden oluşur. Hiyerarşik kademeler ise şu şekildedir: Genel Müdür ve Yardımcıları, Daire Başkanları, Şube Müdürleri, Şefler, Memurlar ve İşçiler.