İSKİ'nin biyolojik atık su arıtma tesisleri şunlardır: 1. Baltalimanı Biyolojik Atık Su Arıtma Tesisi: Beyoğlu, Şişli ve Beşiktaş nüfusunun tamamıyla birlikte Eyüpsultan, Kağıthane ve Sarıyer nüfusunun önemli bir kısmının atık sularını biyolojik olarak arıtmak için hizmet vermektedir. 2. Tuzla İleri Biyolojik Atık Su Arıtma Tesisi: Günlük 650 bin metreküp kapasiteye sahip olup, Tuzla, Pendik, Kartal ve Maltepe ilçelerinde ikamet eden yaklaşık 2 milyon 600 bin kişilik nüfusa hizmet etmektedir. 3. Ataköy İleri Biyolojik Atık Su Arıtma Tesisi: Günlük 400 bin metreküp kapasiteye sahip olup, 1.600.000 nüfusa hizmet vermektedir.