Junk Head filminin konusu, insanların uzun ömür elde ettiği ancak üreme yeteneklerini kaybettiği uzak bir gelecekte geçer. Hikaye, bir cyborg kaşifin, yapay olarak yaratılmış türlerin yaşadığı yeraltı dünyasına girmesini ve bu dünyadaki üreme sırlarını araştırmayı konu alır. Yeraltı dünyası, tehlikeli canavarların dolaştığı bir distopya olarak tasvir edilir ve yapay olarak yaratılmış akıllı türler, benzersiz bir toplum geliştirmiştir. Film, beklenmedik bir şekilde sona erer.