Gastrointestinal (GI) sistem, yapı ve işlevlerine göre şu bölümlere ayrılır: Üst gastrointestinal sistem: Ağız, yutak, yemek borusu, mide ve on iki parmak bağırsağından oluşur. Alt gastrointestinal sistem: İnce bağırsak (duodenum, jejunum, ileum), kalın bağırsak (çekum, çıkan kolon, transvers kolon, inen kolon, sigmoid kolon, rektum ve anal kanal). Ayrıca, GI sistemi, embriyolojik kökene göre ön bağırsak, orta bağırsak ve arka bağırsak olarak da ayrılabilir.