Enzimlerin isimleri, genellikle katalize ettikleri reaksiyon türü ve substratlarıyla ilişkilidir. İşte bazı enzim örnekleri: Oksidoredüktazlar: Alkol dehidrogenaz, sitokrom c oksidaz. Transferazlar: Asetil transferazlar, amino transferazlar. Hidrolazlar: Amilaz, lipaz. Liyazlar: Dekarboksilazlar, aldolazlar. İzomerazlar: Glikoz izomeraz. Ligazlar: DNA ligazı. Ayrıca, enzimlerin sonuna "-az" eki getirilerek de adlandırıldığı görülür.