Şemsettin Günaltay'ın arkeolojiye doğrudan katkıları hakkında bilgi bulunmamaktadır. Ancak, Günaltay'ın tarih ve bilim tarihine dair çalışmaları, özellikle İslam dünyası ve Türk medeniyetinin tarihsel rolünü ortaya koymaya yönelik araştırmaları önemlidir. Bazı eserleri: "Mezopotamya-Sümerler, Akadlar, Gutiler, Amürüler, Kassitler, Asurlular, Mitanniler, İkinci Babil İmparatorluğu" (1934); "Suriye ve Palestin" (1934); "Türk Tarihinin Ana Hatları Müsveddeleri" (1934). Günaltay, aynı zamanda Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nin kurulmasında rol alarak yanlış din anlayışını düzeltmeyi hedeflemiştir. Bilim tarihine katkıları: İslam dininin ilmî gelişmeye engel olduğu tezini çürütme çabası; İslam medeniyetinde Türklerin rolünü ispatlama girişimi.