MEBBİS'e giriş yapıldığında açılan modüller, kullanıcının rolüne ve yetkisine göre değişiklik gösterebilir. Ancak, MEBBİS'te genellikle aşağıdaki ana modüller açılır: E-Yatırım İşlemleri. Personel (Özlük) İşlemleri. E-Talep İşlemleri. Evrak İşlemleri. E-Yurt İşlemleri. MTSK İşlemleri. Ayrıca, MEBBİS'te Devlet Kurumları Modülü, Özel Öğretim Kurumları Modülü, Rehberlik Araştırma Merkezleri (RAM) Modülü, Kitap Seçim Modülü, Sosyal Tesisler Modülü, Kurum Standartları Modülü, MEİS Modülü, Denetim ve Planlama Modülü, Hukuk Takip Sistemi Modülü, Öğretmenevleri Faaliyet Modülü gibi birçok farklı modül de bulunmaktadır.