Muhteşem Atlantis'in sonu, Yunan filozof Platon'un anlatımına göre, tanrılar tarafından cezalandırılması ve büyük bir felaketle yok olmasıyla bitmiştir. Platon'a göre, Atlantis'in çöküşünün sebebi, Atlantislilerin mal ve güç arzusunun gözlerini kör etmesi ve zamanla tamahkar hale gelmeleridir. Zeus'un kararıyla bütün tanrılar bir araya gelir ve Atlantis'i cezalandırmak için bir felaket gönderirler. Ancak, Atlantis'in yok oluşunun kesin nedeni hakkında somut bir kanıt bulunmamaktadır ve Atlantis'in kayboluşu hala bir gizem olarak kalmaktadır. Bazı teorilere göre, Atlantis'in yok oluşu, büyük bir deprem, tsunami veya volkanik patlamalar gibi doğal afetlerle ilişkilendirilmektedir. Diğer teoriler ise Atlantis'in Akdeniz bölgesiyle veya Amerika kıtasıyla ilişkilendirilebileceğini öne sürmektedir.