Atlantis'in beş yıl önce ve on yıl sonra ayrılmasının nedeni, Wraith adlı ırkın saldırıları ve galaksideki hayatın korunması ihtiyaçlarıdır .
İlk olarak, Atlantis, Ori'lerin yaydığı vebaya benzer bir hastalıktan dolayı Dünya'dan ayrılarak Pegasus Galaksisi'ne gitti ve Lantea gezegenine yerleşti . Daha sonra, Pegasus Galaksisi'nde de Wraith tehdidi ortaya çıkınca, Kadimler şehri suyun altına batırmaya karar verdiler .
On yıl sonraki ayrılık ise, Atlantis'in Dünya'ya dönüşü ve ekonomik kriz nedeniyle oldu . Atlantis'in sahip olduğu Kadim teknolojiler ve drone silahları, şehrin kontrolünü ele geçirmek isteyen IOA'ya karşı bir tehdit oluşturuyordu .