Hepatit B aşısının yan etkileri genellikle hafif ve geçici olup, ciddi yan etkiler nadir görülür. En sık görülen yan etkiler şunlardır: Enjeksiyon bölgesinde yan etkiler: Ağrı, kızarıklık veya şişlik. Genel yan etkiler: Halsizlik, baş ağrısı, yorgunluk, hafif ateş. Diğer yan etkiler: İshal, mide bulantısı, alerjik reaksiyonlar (çok nadir). Ciddi yan etkiler arasında alerjik reaksiyonlar, anafilaksi, düşük tansiyon ve solunum güçlüğü bulunur. Hepatit B aşısı, hamileler için genellikle güvenli kabul edilse de, aşının kararı doktor kontrolünde verilmelidir.