Şirden mayalı peynir ve bakteri mayalı peynir arasındaki temel fark, kullanılan mayanın kökenidir.

Şirden mayası, geviş getiren hayvanların midelerinin dördüncü kısmı olan şirdende doğal olarak bulunan enzimleri içerir ve bu enzimler kimozin (renin) ve pepsin gibi aktif bileşenleri kapsar 23. Bu maya, geleneksel yöntemlerle peynir üretiminde kullanılır 3.

Bakteri mayası ise mikrobiyal enzimlerden elde edilir ve peynir üretimindeki artışa paralel olarak giderek daha yaygın hale gelmektedir 24. Bu mayalar, bakteri ve küf kaynaklı olabilir ve şirden mayasıyla üretilen peynirlere yakın özelliklere sahip ürün elde etme imkanı sağlar 24.

Dolayısıyla, şirden mayalı peynir daha doğal ve geleneksel bir tada sahipken, bakteri mayalı peynir daha ekonomik ve güvenli bir seçenektir.