Enfeksiyon ve mikrobiyoloji aynı değildir, ancak birbiriyle yakından ilişkili bilim dallarıdır. Enfeksiyon hastalıkları, gözle görülemeyecek kadar küçük mikroorganizmaların (virüs, bakteri, mantar; maya ve küf ve protozoon) sebep olduğu hastalıkları inceleyen ve tedavi eden bir bilim dalıdır. Mikrobiyoloji ise, bu mikroorganizmaların yapılarını, yaşam döngülerini ve insan vücuduyla etkileşimlerini laboratuvar ortamında bilimsel olarak inceleyen temel bilim dalıdır. Klinik mikrobiyoloji, enfeksiyon hastalıklarının teşhis ve tedavisinde mikrobiyolojik bilgiyi pratik uygulamalara dönüştürür.