Gıda mikrobiyolojisi, gıdalarda bulunan mikroorganizmaların ve bunların gıda güvenliği, korunması ve duyusal özellikler üzerindeki etkilerinin incelenmesidir. Bu bilim dalı, gıdalarda bozulmaya neden olan saprofit mikroorganizmalar ile insanlarda gıda zehirlenmesi ve enfeksiyonlara yol açan patojen mikroorganizmaları kapsar. Gıda mikrobiyolojisi analizleri, gıda güvenliğinin sağlanması için yapılan testlerdir ve bu analizler sayesinde gıdaların raf ömrü, üretim, işleme, depolama ve tüketim aşamalarında kontaminasyona uğrayıp uğramadığı tespit edilir.