Menenjitin en tehlikeli yan etkileri arasında kalıcı beyin veya sinir hasarı, işitme kaybı, epilepsi, zeka geriliği, öğrenme güçlüğü ve ölüm yer alır. Özellikle bakteriyel menenjit, tedavi edilmezse hızla ilerleyerek hayati tehlikeye yol açabilir. Menenjit belirtileri fark edildiğinde, doğru teşhis ve tedavi için derhal bir sağlık kuruluşuna başvurulmalıdır.