Tapu siciline güven ilkesinin istisnaları şunlardır: 1. Kamu malları: Özel mülkiyete elverişli olmamasına rağmen tapu siciline kaydedilen kamu malları, bu ilkeden istifade edilerek kazanılamaz. 2. Aynî hak niteliği olmayan haklar: Aynî hak niteliği bulunmadığı hâlde tapu siciline aynî hakmış gibi yanlışlıkla kaydedilen haklar da bu ilke kapsamında kazanılamaz. 3. Çift tapu: Tapu müdürlüğünde yapılan bir yanlışlık sonucu aynı taşınmazın iki farklı sayfaya ayrı kişiler adına kaydedilmesi durumunda, bu ilke uygulanmaz. 4. İrtifak hakları: İrtifak hakkının yararlanan veya yararlandıran taşınmazlardan sadece birine ilişkin sayfaya kaydedilmesi hâlinde, sayfalar arasında çelişki oluşur ve bu durum ilkenin uygulanmasına engel olur. 5. Bağımsız ve sürekli haklar: Yüklü taşınmaza ait sayfaya hiç kaydedilmemiş bağımsız ve sürekli haklar, yolsuz tescil hâline gelir ve bu durumda ilke geçerli olmaz. 6. Kötü niyetli davranışlar ve açıkça yanlış kayıtlar: Kötü niyetli davranışlar, açıkça yanlış kayıtlar veya hukuken geçersiz işlemler durumunda, tapu sicilinin güvenilirliği ortadan kalkar ve gerçek malik korunur.